Resulta que el programa es bastante estúpido, al igual que muchos programas, y cuando eliminas citas a veces deja restos y luego eso lo registra como un error fatal y no es capaz de hacer sus deberes. La solución la encontré aquí y es la siguiente:

- Tienes que ir al menú Tools y seleccionar "Revert to WNC v. 2 document", la razón es que WNC v. 2 no tiene los códigos ocultos y si hay alguna cita vacía la vamos a poder ver y eliminarla.

- Una vez que hayas hecho la transformación usa la herramienta buscar y localiza 

{{}}

{{ }}

y

{{ }}

borra todos los que encuentres porque estos son los malditos que te han vuelto loco.

Ahora ya lo tienes pero antes de seguir debes devolver al documento a su estado anterior, así que en Tools de nuevo, selecciona "Convert to WNC III"

Ya puedes construir tu bibliografía de forma normal.